Stoppering nebo česky Zátkovací mechanismus je systém určený pro hermetické uzavření vialek uvnitř lyofilizátoru po skončení procesu lyofilizace. Uzavřením vialek před otevřením komory je tak v lahvičkách zachováno vakuum a nedochází k opětovnému přenosu vlhkosti z okolního vzduchu.
Stoppering funguje jako lis, který stlačí k sobě police s vialkami a tím do lahviček zatlačí gumová víčka. Je zapotřebí nastavit správnou sílu, aby uzavření bylo těsné, ale přitom nedošlo k rozdrcení lahviček.