Izolační ventil, anglicky Isolation Valve nebo zkráceně ISO Valve, je přepážka mezi komorou a kondenzorem v lyofilizátoru. Může být ovládán pneumaticky stlačeným vzduchem nebo elektricky, jako tomu je v případě modelů 24DX48 a 36DX66.
Izolační ventil může plnit několik funkcí. U přístroje, který je zabudován do přepážky čistých prostor odděluje servisní zázemí od čistých prostor, když jsou otevřena dvířka kondenzoru, např. při čištění. U výrobních přístrojů (pro lyofilizaci ovoce nebo květin) může být oddělení kondenzoru vhodné pro odstranění nashromážděného ledu, aniž by bylo nutné proces lyofilizace přerušovat.
Spolu s programovým výbavením se může během procesu ventil otevírat a zavírat. Čidlo za ventilem pak měří průtok částic vody při otevření ventilu a tím detekuje míru vysušení produktu.
Obrázek vpravo: Průhled z komory do kondenzoru - uprostřed je otevřený izolační ventil (záklopka)